软组织肿瘤的病理诊断较困难，例如纤维肉瘤，纤维型滑膜肉瘤，恶性纤维组织细胞瘤等经常混淆。近年来应用多种标志物进行软组织肿瘤的免疫组化研究可根据其染色表现型提供组织学诊断依据。常用抗血清诊断标记。

1、波形蛋白(Vimentin)，用于鉴别癌与肉瘤。

2、结蛋白(Desmin)，用于诊断平滑肌源性肿瘤，横纹肌肉瘤，腺泡状软组织肉瘤等。

3、肌红蛋白(Myoglobin)，横纹肌肉瘤多为阳性。

4、S-100蛋白(S-100protein)，主要用于周围及中枢神经系统肿瘤的诊断。

5、a₁抗胰蛋白酶(a₁—AT)，a₁抗糜蛋白酶(a₁-ACT)可作为恶性纤维组织细胞瘤及组织细胞来源肿瘤66诊断。

6、第八因子相关抗原(F8)，作为血管肉瘤的诊断。